15 avril 2021 Commentaires fermés

La taxonomie

À l’occasion de la pandémie de Covid-19, les citoyens ont vu ces derniers mois la science «en train de se faire»; beaucoup auront découvert à cette occasion le système des publications scientifiques. Au cœur des sciences (puisqu’elle contribue au processus d’évaluation des études), l’édition scientifique produite son lot de polémiques, comme celles qui entourent les travaux de Didier Raoult et de son équipe sur l’hydroxychloroquine
Parmi les disciplines scientifiques soumises à l’épreuve de la publication, la taxonomie joue un rôle essentiel, décrivant la biodiversité afin de mieux comprendre notre planète. Elle a rencontré ainsi à jour de façon continuer le grand inventaire du vivant sous forme de catégories organisées et hiérarchisées, cherchant les relations de parenté entre elles.
Cette matière concerne donc bien les mammifères, les insectes et les plantes que les bactéries – sur les présages portent notamment sur les travaux de Didier Raoult La taxonomie est cependant régulièrement négligée, voire dénigrée. De plus exactement, elle se trouve inégalement traitée.
Et l’une des critiques adressées au professeur Raoult et son équipe a retenu mon attention de taxonomiste.
Les 1 741 articles de Didier Raoult
Un article récent de Mediapart a rendu compte de l’évaluation de l’équipe de l’IHU – Méditerranée Infection (que dirige le professeur Raoult) par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (HCERES) .
Dans ce texte détaillé, une phrase a donc retenu mon attention. Elle porte sur la multiplication des (petites) publications de taxonomie des bactéries (dans les revues pas forcément réputées, «à la manière du collectionneur de timbres»:
«Les évaluateurs regrettent que la priorité soit donnée au« volume de publications plutôt qu’à leur qualité ». Si l’unité du professeur Raoult a été à l’origine de plus de 2 000 publications entre 2011 et 2016, «seules 4% d’entre elles étaient dans les revues de haut impact international», précisent-ils. … Concernant «Microbiota», l’équipe de Didier Raoult, les scientifiques remarquent que l’approche qui consiste à découvrir les nouvelles bactéries n’est pas suivie des analyses nécessaires. Selon eux, cette «compilation de nouvelles bactéries» – comme «on collectionne les timbres», persiflent les évaluateurs – donne certes lieu à un volume important de publications, mais sans plus d’avancées pour la connaissance scientifique et médicale. »
En tant que taxonomiste, cette formulation m’a fait sourire, sans toutefois me surprendre, tant qu’elle aurait une opinion majoritairement répandue dans nos instances scientifiques chargées de l’évaluation des recherches.
Si l’on se penche sur le registre des publications du professeur Raoult (via le site Researchgate), on peut en effet être surpris par le nombre de publications et de citations, hors norme: 1 740 articles, 66 964 citations (au 22 juin 2020). Le site Google Scholar lui donne pour sa part 155 000 citations, car il semble intégrer les derniers articles sur le Covid-19 de l’équipe.
Nombre de ces publications concernent les descriptions de nouvelles bactéries ou virus, dont les fameux virus «géants» Chaque publication constitue un acte nomenclatural: avec la création d’un nom et la publication de la séquence d’acide nucléique «code barre» dans une base de données accessible à tous.
Certains s’amuseront sans doute des noms choisis pour ces actes taxonomiques, à cause de leurs références marseillaises ou locales (sur pense aux bactéries Collinsella bouchesdurhonensis et Parabacteroides timonensis par exemple). C’est l’une des libertés permet par cette pratique, qui n’entache en rien la rigueur scientifique
Les petites bêtes à l’ombre des grosses
Mais lorsque les organismes apparaissent ne sont pas «extraordinaires», ce qui est très fréquent, publiez des découvertes taxonomiques dans les revues de renom se révèlent ardu. Celles-ci ne s’ouvrent que les taxons remarquables: un nouvel oiseau ou un mammifère dans une île perdue fera certainement un bel article au sein d’une revue renommée. À l’inverse, un nouvel insecte, même sous nos pieds, ne fera l’objet que d’une petite description dans une revue d’amateurs ou de société savante, sauf s’il possède une caractéristique unique.
Leur intérêt biologique intrinsèque est pourtant le même: c’est pour cela que l’on parle de «biais taxonomique» Dans le cas des bactéries, ce biais semble s’exerce par rapport à la pathogénicité, c’est-à- dire à la capacité de provoquer une maladie: la découverte d’une bactérie non pathogène ou remarquable ne sera pas publiée dans une grande revue.
Il est pourtant essentiel de publier dès que possible une découverte, quelle qu’elle soit. Établir un taxon, trouver ses relations de parenté (ce qu’on appelle la «position phylogénétique»), le placer dans l’arbre du vivant, constituer l’acte fondateur pour l’étudier et appréhender sa place dans son écosystème (comme, par exemple, celle d’une bactérie dans notre système digestif).
Lorsqu’un organisme inconnu est découvert, connaître sa position phylogénétique permet de déduire une grande partie de ses propriétés biologiques. C’est tout aussi essentiel pour les pathogènes.

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